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題 名 | Evaluating the Structure Properties of DNA by Using the Spanning Tree Invariant of the Topological Markov Chain Model=應用拓樸馬可夫鏈模式展開樹不變量評估DNA序列之結構性質 |
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作 者 | 謝俊逸; 李桂仁; 劉湘川; 曾杏園; | 書刊名 | 測驗統計年刊 |
卷 期 | 15(下) 2007.12[民96.12] |
頁 次 | 頁53-62 |
分類號 | 319.5 |
關鍵詞 | 拓樸馬可夫鏈模式; 展開樹不變量; DNA序列; 緊密性; Topological markov chain model; Spanning tree invariant; DNA sequence; Compactness; |
語 文 | 英文(English) |
中文摘要 | 摘要 這項研究是使用一個拓樸馬可夫鏈模式從完全的基因組的去氧核糖核酸 (DNA)序列順序中評估其架構性能的標準。在這項研究過程當中,我們選取 4 個細菌︰Halobacterium sp. NRC1 、Haloarcula marismortui、Campylobacter jejuni 及Streptomyces coelicolor A3(2),並應用拓樸馬可夫鏈模式之展開樹不變 量進行序列評估。我們使用一個馬可夫鏈模型,建立一種框架模式,並利用選 取的四種細菌的 DNA 序列去進行評估,分析其架構性能的特性及標準。我們相 信基於不變量生成樹原理,我們能從生成樹的不變量中評估出在完全的基因組 DNA 序列架構中的隨機性(randomness)和緊密性(compactness),而藉此種 方法發現耐鹽性細菌的DNA 序列特性。 |
英文摘要 | Abstract In this study, four bacteria: Halobacterium sp. NRC1, Haloarcula marismortui, Campylobacter jejuni, and Streptomyces coelicolor A3(2), were investigated using the spanning tree invariant. This study used a topological Markov chain model to establish a framework to evaluate the level of structural properties of DNA from the complete genomic DNA sequences. Based upon the spanning tree invariant, we can evaluate the randomness and compactness of the complete genomic structures. Briefly, we discuss the correlations between GC contents and the values of spanning tree invariants. |
本系統中英文摘要資訊取自各篇刊載內容。